Perfil de expressão gênica em híbridos de Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla afetados pelo distúrbio fisiológico do eucalipto (DFE)

Abstract

No início dos anos 2000 o Distúrbio Fisiológico do Eucalipto (DFE) passou a ser relatado como o principal responsável pela redução da produtividade em plantios comerciais de eucalipto localizados nos litorais do Espírito Santo e da Bahia. Os sintomas causados por essa desordem fisiológica incluem perda da dominância apical, trincamento de casca e emissão de brotações adventícias ao longo do tronco, comprometendo o crescimento e a produtividade, podendo levar a morte de genótipos muito suscetíveis. A hipótese prevalente é de que o DFE é causado por fatores abióticos e que o padrão de expressão de genes implicados em vias metabólicas seja responsável pela resposta de resistência ou suscetibilidade. Patra tanto, analisou-se o padrão de expressão gênica total em folhas de plantas com sintomas e em plantas sem sintomas de três clones de eucalipto. A tecnologia utilizada para detectar e quantificar os transcritos foi RNA-Seq na plataforma Illumina HiSeq 4000 paired-end. O sequenciamento resultou em 14,00 G de bases brutas, 13,60 G de bases limpas que compreendem 46,3 milhões de sequências brutas e 45,4 milhões de sequências limpas. Após o processo de mapeamento dos reads no genoma do eucalipto, pode-se observar que a porcentagem de mapeamento foi maior que 95%. Uma análise mais refinada do processo de mapeamento mostra que acima de 50% dos reads mapeados ocorreram em regiões anotadas, em torno de 6 a 7% não foram mapeados, entre 6 e 8% foram alinhados em múltiplos locais, 4% foram alinhados em região não anotada e 30%, aproximadamente, foram ambíguos, impedindo o correto alinhamento. Foram obtidos 2.819 exons diferencialmente expressos (DEG) entre plantas com sintomas e plantas sem sintomas. Desse total, 1.265 (44,87%) foram induzidos e 1.554 (55,13%) foram reprimidos nas plantas com sintomas de DFE. A classificação desses exons quanto a possíveis funções. Assim, 1.064 exons diferencialmente expressos possuem similaridade com genes catalogados no NCBI. Alguns desses DEG compõem vias bioquímicas/metabólicas/biossíntese implicadas com estresse abiótico. Esses dados estão descritos e serão relacionados com a literatura disponível.